Linuxcnc no funciona por señales Pulso/Dirección, es totalmente flexible en cuanto a sistemas de comando de motores y bastante flexible en cuanto a sistemas de toma de realimentación de posición.
Si el sistema de posicionamiento de la máquina en cuestión es de motores de paso con encoders entonces se puede configurar Linuxcnc para comandar el movimiento de los motores y utilizar la realimentación provista por los encoders. En esta configuración Linuxcnc usará la señal de los encoders para detectar pérdida de pasos.
Sí la máquina realmente no trae switches entonces estará utilizando topes mecánicos y la señal de encoders para referenciar los ejes, eso es algo que habría que ver si se puede configurar en Linuxcnc.
El hardware requerido para tal configuración escapa de las placas de bajo costo comúnmente utilizadas para máquinas de hobby. En este caso probablemente la mejor opción sea agregarle switches y dejar de lado los encoders para que el sistema pase a ser "estándar".
Saludos!
Fernando