Todo depende de lo que tu quieras obtener y los motores que tengas. Convertir a bipolar no es tan simple como anadir unos mosfets de mas y drivers para medio puente, de lo contrario habrian un monton de controladoras bipolares entre 2.5 y 5 amperes en el mercado. Yo te sugiero probar la unipolar y luego continuar mejorando ayudado por la experiencia obtenida.
Hay tres factores importantes en la conversion a bipolar: "Slow y Fast decay" y una forma de aplicacion automatica es uno de ellos, otro es asegurar que los drivers de los mosfet superiores mantengan el voltage adecuado para manejar o mantener los switches superiores (control de minimo y maximo "duty cycle", o uso de drivers con charge pump ademas de boostrap) y por ultimo asegurar que no se produzca "cross conduccion" en los puentes H, o sea, uso de dead time.
En cuanto a los L6203, todavia no te puedo contestar si van a trabajar como deseo, las pruebas diran. Yo se que mucha gente ha tratado con anterioridad y no les ha resultado, te prometo que no los los voy a enganar dando datos falsos....si no funciona bien ya buscaremos otra solucion, habra que limitar la corriente de salida o mejorar la disipacion de calor haciendo un "heat-sink" mejor.



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