Hola infinitocnc, el problema que tienes se llama backslash, tendrías que describir tu maquina, cual es el sistema de tracción(correa, tornillo acme, ballscrew o tornillo de bolas, etc), el motor como va conectado al sistema de tracción, directo, acople flexible, engranajes, reducción por correas?, el backslash es juego mecánico, de ahí que el eje en donde tienes el problema pierda algunos pasos o movimientos y no sigue la curva, mecánicamente perdió esa secuencia, pero para el software si lo realizo correctamente.
Lo primero que debes hacer es identificar donde esta el Backslash, sabiendo eso se podrá evaluar diferentes soluciones.
Cordial saludo.