Ya revise todo y no tengo juegos. Pensando en vos alta creo que puede ser lo siguiente... El eje X tiene 27 pasos por mm. Este diseño mirando el código me dí cuenta que tiene valores que son centecimales. Escribo un par de lineas para que se den cuenta...

X27.345 Y34.457
X27.376 Y34.468
X27.408 Y34.477

Viendo esto me he dado cuenta que la resolución en la cual tengo las placas switchadas no me sirve porque estan puestas en paso completo para tener mejor torque lo cual al tener que mover distancias tan pequeñas ahí pueden generar el error en el macanizado.
Hago un cuadrito de pasos en funcion de los milimetros

1mm = 27 pasos
0,1mm = 2,7 pasos
0,01mm = 0,27 pasos aca ya tengo problemas.

Conclusiones: si tenemos que mecanizar figuras muy chiquitas debemos usar micropasos y poco avance de tornillo.

Eduardo uy