Gracias Esteban, no se que haria sin vos, siempre tan esclarecedor!

Ahora el motor lo tengo andando en full step (200 pasos por vuelta) a 12V y supuestamente a 700 mm por minuto (en halfStep pierde pasos a lo loco, supongo que es por la baja tension, asi que por ahora lo dejo en full).

Y digo supuestamente porque me da la sensacion de que el motor esta haciendo la mitad del trabajo. Cuando le tiro un codigo g donde se tiene que desplazar unas 50 unidades en X, el motor da unas 25 vueltas (contadas a ojo).
En el setup de Mach3 le puse 200 steps per unit (mm), o sea una vuelta completa por cada milimetro.