Lo del reset da la impresión de ser interferencia en los limit switches. A mí me pasó eso y lo solucioné poniendo condensadores cerámicos en paralelo entre tierra y cada input (de ahí reviso el valor exacto que me dieron cuando pregunté al fabricante), esto asumiendo que tus switches van conectados directamente a los pines del puerto paralelo sin ningún tipo de circuitería extraña.

¿Cuál es el modelo de tu controladora y sus especificaciones? Según tengo entendido, a más voltaje de los motores, más posibilidades de inducir "spikes" en los limit switches, por lo mismo lo ideal es tener los cables de los limits y/o de los motores blindados y con el blindaje a tierra en uno de los extremos. Tirar a tierra cualquier pieza metálica de la máquina (carcaza de los motores, estructura de la máquina, tornillos, rieles, etc) también ayuda a prevenir eso, aunque no me atrevería a decirte qué cosas puedes y no tirar a tierra (en una de esas por alguna razón no es conveniente en ciertas máquinas, no sé, no tengo experiencia con fresadoras para metal). ¿Tienes fotos de la máquina y su cableado?.

Sobre lo del eje Z, podrías probar con algún otro programa (TurboCNC, EMC2 o la demo de KCam) para ver si es problema de configuración, porque me extraña mucho que no se mueva por DRO (supongo que tampoco por jog) pero que se sí se haya movido al meterse a Diagnostics. ¿Seguro que el Jog no está en modo Step (en Diagnostics, a la derecha de la pantalla)?.

Saludos