Hola Vonhinz, una pregunta, tu dices que el motor funciona, en que momento funciona con el teclado? mediante la interfaz en pantalla? , si el motor funciona mediante comandos manuales, el problema puede estar en el codigo, puedes copiar y pegar una parte del codigo que estas utilizando?, como le paso a Valji el problema pueda estar en el tipo de codigo que esten utilizando, alguno son unicamente para 2d como plotters y otros similares de grabado o corte 2d, para 2.5D o grabados en relieve se utiliza otro tipo de formatos.
Prueba el siguiente:

G90G80G21G49
M6 T1
G43 H1 G0Z5.0000
G0 Z0
G1 Z1 F100
G1 Z0
G1 Z2
G1 Z0
G1 Z3
G1 Z0
G1 Z4
G1 Z0
G1 Z5
M5
M30

Copialo en un archivo de texto ejm: Notepad siempre debes dejar una linea vacia luego de M30, guardalo, depende de que programa uses puedes cambiarle el formato, ejemplo para Mach3 puedes cambiarle la extension al archivo por .TAP ó dejarlo en .txt
Cargalo y pruebalo, el eje Z debera subir y bajar realizando incrementos positivos de 1 en Z hasta Z=5

Si no responde sigue las instrucciones de Valji.

Cordial saludo.