Hola;

Hay un software llamado DeskCNC que te permite generar G-code para aislar los trazos si los importas como Gerber files, tambien puedes importar los NC drill files (como Gerber) y generar los G codes para taladrar. Puedes hacer una busqueda en internet y descargar el demo. No te permite aislar areas, solo alrededor de los trazos, si encuentras uno mejor me dejas saber, yo no uso Eagle tampoco, yo uso Altium (Protel). El DeskCNC directamente maneja la maquina tambien, pero como uso Mach3 no uso esa parte del programa.

Saludos,

Kreutz.