Hola Camiloernesto, hace mucho no me pasaba por el foro, que versión de tarjeta tienes Ethernet o USB? la conexión debe ser SmoothStepper- BOB, BOB - Drivers, es lo mas recomendable, el ruido lo emiten los drivers? o los motores? debes tener en cuenta la configuración de la frecuencia en el plugin que requiere la resolución de los motores, dependerá de los micropasos que configures y el paso de tu sistema de tracción, si tienes una frecuencia muy alta o muy baja los motores pueden emitir diferentes ruidos.

Saludos.