no te guies por la tension de los motores, estos pueden trabajar hasta 48V, si podes usar de referencia la tension máxima que soporta tu controladora.. Por otro lado fijate si ambas controladoras X e Y estan seteadas iguales... Asegurate que la aceleración en ambos motores es igual, muchas veces surge este inconveniente, cuando un motor debe esperar al otro demasiado..