LO que yo hago cuando tengo que parar un trabajo es anotar el numero de linea que se ejecuto por ultima vez y tener la precaucion de no mover el cabezal de corte de la maquina. Luego si quieres retomar el trabajo solo tiene que cargar de nuevo el archivo con el codigo y retomar desde la linea que dejaste. Lo mejor es parar el trabajo cuando el cabezal se encuentra arriba en un desplazamiento justo antes de iniciar este. Si te fijas en la pantalla donde esta el codigo, si te desplazas con el cursor del mouse se va iluminando la linea que esta en uso, lo que haces es seleccionar la linea de codigo donde te quedaste y luego pulsas en "run from here", te eparecera un cuadro de dialogo confirmando la posicion actual del cabezal y luego aprietas "cicle start" y continuara desde alli. Hasta que te familiarices con esta funcion proba en un pedazo de material que no sirva .

A mi me paso que se me rompio la fresa en medio de un trabajo y lo solucione asi.