Mira te comento tengo una laser china de 80 watts cuando corto mdf delgados como 3 - 4 mm por ser cortes rapidos los bordes me salen marrones,,
Pero cuando corto 6-9 mm me salen mas negros por bajar la velocidad de corte,,
creo que tu maquina por ser de 40 w 3 mm debe ser el corte lento por lo que te deja el borde negro,
es normal.
Saludos