Puede ser interferencia. ¿Si desenchufas los motores deja de suceder y empiezan a funcionar corretamente los switches? (recuerda que los motores hay que desenchufarlos con los drivers apagados).
A mí me sucedió algo similar con esa tarjeta, envié un correo a Probotix y me recomendaron instalar unos condensadores pequeños ("lentejas") de cierto valor en paralelo con las entradas; eso solucionó al 100% el problema.

Prueba también cambiando el valor del Debounce Interval en el Mach3 a 20 (por defecto creo que viene en 0). Esta opción está en Config -> Logic.

¿No tienes soft limits configurados, cierto?

Espero haberte sido de ayuda.