El diodo D2, se encuentra a la entrada de la alimentación de la tensión de los motores, no es necesario, podes omitirlo por un simple puente, lo puse para avitar cualquier poblema en caso de conectar dicha fuente con la polaridad invertida, en mis controladoras no lo e puse, pero las que vendi si, para que se quemen los L6203 en caso de conectar mal la fuente. (Aunque no parezca esto es algo muy común jejeje)

Respecto a las diodos esos que queres agregar, no están de mas y si queres agregarlos esta bien, como ya dije yo no los uso y no e tenido problemas.

Saludos