Yo también voy a por un taladro de pedestal, pienso comprarlo mañana en la mañana; lo habría comprado hace semanas pero el que había visto tenía demasiado juego, y la semana pasada encontré uno que se ve más estable.
Imagino que una buena forma de hacer ambos lados lo más parecidos posible sería perforarlos juntos, aunque la factibilidad de eso depende de la forma de las piezas que estés perforando. Recuerda que para perforar metal convienen bajas RPM. Si el taladro que estás fabricando tiene un poco de juego en el mandril no sería mala idea marcar los agujeros a perforar con un punzón o similar a modo de guía.
¡Saludos!