Como estás Alberto, a la fuente de poder está bien que le pongas un suiche, en cuanto a la tarjeta C11, veo un aviso de precaución en la parte de abajo a la derecha del manual de conexiones que advierte que el sistema debería estar energizado antes de encender la tarjeta, por lo que también parece ser conveniente colocarle un suiche. El botón EStop tiene como función suspender inmediatamente el proceso que se está efectuando en la máquina al momento de presionarlo, asi como el de apagar el motor del 'spindle' si está controlado por la board, pero no es para cortar la energia de la máquina. En mach3, este botón es obligatorio, por lo que debes configurarlo de todas maneras. Si no tienes aún uno para las pruebas, lo puedes configurar en Config -> Ports and Pins -> Input Signals -> EStop asignando un número de puerto y un número de pin, y chequeando la opción "Active Low". Si tienes ya un botón para esto, lo conectas en el pin correspondiente y haces lo mismo pero sin chequear la opción "Active Low", esto asumiendo que tu botón tiene un contacto normalmente cerrado. Por lo que he visto en el foro, lo suelen colocar en la máquina en un sitio a la mano por si se presenta una emergencia. En cuanto a los micros para los límites y los home, he visto que hay varias maneras de configurarlos, incluyendo una que sale en el mismo manual del Mach3. Si es común usar 6 para los límites y 3 para los de home. De todos modos para las pruebas estos no son obligatorios y simplemente los dejas sin configurar. Cuando tengas la máquina con los micros instalados podrás escoger la forma que más te convenga para configurar estos micros.
En el manual del G203V efectivamente dice que se debe conectar el pin 10 a la tierra de la controladora, pero como lo mencionas, veo que los pines 8 Direction, 9 Step y 10 Common coinciden con tres similares de la tarjeta que son COM, Dir y Step, por lo que creo que debes configurar el jumper de COM para que queden en modo de GND y conectar cada uno de la C11 con su correspondiente en el G203V. Creo que no hay mucho problema con esto ya que el G203V también tiene las entradas optoacopladas.

Saludos!