Buenas, enhorabuena por tu trabajo, tiene muy buena pinta, y espero que no smantengas informados
Respecto a la C4, es una controladora muy básica, no me gusta su diseño, pero funciona, asi que adelante. Con el tiempo ya te plantearás si la sustituyes por otra más 'profesional'
Respecto a la limitación de corriente, se realiza mediante las resistencias 'R motor', que tendrás que calcularlas en función de la tensión de tu fuente, la tensión nominal de los motores, y su consumo: si tu fuente da 12V, los motores son de 6V y consumen, por ejemplo, 500mA:
R=V/I
V=Vfuente-Vmotor = 12-6 = 6v
I=500mA = 0.5 A
R = 6 / 0.5 = 12 ohmios.
También debes tener en cuenta la potencia que disipará esta resistencia:
P = V^2/R = 6^2 / 12 = 3 watios
Respecto a los picos de corriente, cualquier carga inductiva (motor, transformador, bobina...) produce picos de corriente en las conmutaciones, por lo que se hace necesario conectar diodos de libre circulación (también llamados diodos apaga chispas) pero la C4 ya los incorpora (los bat 85).
Un saludo.