Alex , en la pestaña settings de MAch al lado del boton de reset hay un boton para configurar los pasos de los motores, yo creo que ahi puedes arreglar el problema de las distancias. Le das click y el te pide la distancia que quieres mover, sigue las instrucciones, pero, utiliza un comparador o algún metodo para medir el recorrido exacto. Si no utilizas tornillos de bolas tienes que configurar el backslash tambien.
Luis