Hola de nuevo, ya me respondo yo a mi problema, al final un parámetro de maquina que no coincidía con el que tenia que ser, tenia como método de medición escala lineal normal y tenia que ser escala codificada por distancia, las medidas de referencia aparecen en cero pero al referenciar los ejes se ponen en las medidas reales de referencia. Gracias y un saludo, espero si alguien tiene alguna duda pues esto pueda ayudar.