Puedes estar perdiendo pasos o tener "backlash" mecanico y perder posicion debido a eso, para corregir lo primero disminuye la aceleracion y prueba de nuevo hasta que no pierdas pasos, puedes tratar tambien disminuyendo la velocidad maxima en "motor tuning" y probando a ver si corrige el problema.
Lo segundo lo puedes notar si ves que hay cierto juego cuando cambias de direccion de movimiento aun a bajas velocidades.