Mesa es una empresa que entre otras cosas fabrica placas de entrada/salida para control de motores y lectura de encoders que se conectan al puerto PCI. Tienen gran variedad de placas diferentes. http://www.mesanet.com/

Linuxcnc es bastante fácil de configurar usando esas placas.
En general el foro es bastante ilustrativo: http://www.linuxcnc.org/index.php/english/forum

Porque optaste utilizar correa en tu eje Y ¿por cuestiones de costo?

Saludos!