Hola amigo, como dice la ley de Murphy: "Si funciona, no lo toques".
Ahora bien, por el tema del software siempre es conveniente que una maquina trabaje con el soft que ha sido diseñado para esa maquina.

Como poder se pude reemplazar por mach3 que es muy versatil, pero ahi tenes que empezar a hacer adaptaciones y demas, habria que evaluar que mejoras trae semejante cambio, si son pocas la recomendacion es que sigas con win98 y el soft que tienes actualmente.

Por el contrario, si ves que la adaptacion es sencilla pues entonces puedes ponerte manos a la obra y hacer los cambios necesarios.

Mach3 es solo un interprete de codigo G, con lo cual lo unico que hace es leer el codigo y enviar señales al puerto paralelo para que este a traves de una interfaz controle los drivers de los motores y/o dispositivos.

Cualquier duda nos avisas.
Saludos y exitos,