No, el eje Z es el que sube y baja.
Por lo general los programas permiten clonar ejes, así que por ejemplo puedes clonar el eje A (normalmente corresponde a un 4º eje rotativo) al eje Y de modo que ambos motores se muevan igual, y configurar el segundo motor como A.
Supongo que debe ser factible también dejar el software como siempre (3 ejes) y clonar el motor a nivel de controladora (del breakout board tirar las señales de step/dir del eje Y a dos drivers/motores en vez de sólo a uno. De todas formas encuentro mejor la opción de clonar por software.