Hola Walky, quisiera hacer una aclaración. Si tu tornillo es en pulgadas, como por ejemplo el que has mencionado en el ejemplo de 3/8" por 16 hilos, es más conveniente que la opción Config -> Select Native Units se seleccione para pulgadas, o si se trata de un tornillo de paso milimétrico, pues en milímetros. Esto no tiene nada que ver con la forma en que esté configurado tu software de diseño. Si el Mach3 recibe un código en mm, asi lo va a interpretar y si es en pulgadas igualmente, independiente de la configuración de las unidades nativas. Lo que si recomiendan en el manual del Mach3 es ubicar en el encabezado el código de medida apropiado, G20 o G21.
Los tornillos de mi máquina son de 10 hilos por pulgada y tengo configurado el Mach3 con unidades nativas en pulgadas. También uso el ArtCAM y lo tengo configurado para trabajar en milímetros. La máquina siempre ha interpretado los códigos del ArtCAM correctamente.

Saludos!