Hola FIJOCUSTOM y bienvenido al foro. Perdona la demora en contestar, pero es que aún no utilizo los programas que mencionas ya que todavía no termino mi máquina. Aunque no tengo todavía en que hacer pruebas, si he investigado algo sobre el software que se utiliza en esto y por eso me atrevo a recomendarte algo. Para el grabado de letras por ejemplo, encontré este software (que por cierto es gratis) y que genera el código g correspondiente al letrero que quieres tallar: http://www.deskam.com/download.html. Respecto a tu segunda inquietud, lo más común es que uno utilice un programa para dibujar (CAD) y otro para generar las trayectorias del dibujo (CAM) y el código para la máquina. También existen programas que permiten las dos cosas como por ejemplo el Artcam Pro (muy recomendable por ejemplo para los grabados que mencionas) o a nivel ya más industrial el Mastercam.
El manejo de la máquina se puede hacer efectivamente con el Mach3 que está bastante difundido y explicado en este foro, o hay otros como el EMC2 que es un software libre que trabaja bajo Linux.

Muchos éxitos con tus proyectos!