Hugo;

Para la maquina con 2 motores energizados solamente, luego con uno y mira a ver si continua haciendo lo mismo. Tu controladora usa el mismo oscilador para los tres canales o son tres osciladores independientes para el chopping?

Puede ser resonancia de tu maquina a una frecuencia de batimiento entre los osciladores de los chopper. Puedes reducir la corriente de los motores cuando estan inactivos?