Me da la impresión de que la máquina te está tirando pasos extras (de ser así, posiblemente pueda ser debido a interferencias o problemas con la controladora). Fíjate si los motores se mueven cuando hacen ese ruido, de ser así no vayas a correr un gcode con la máquina en ese estado hasta ahondar más a fondo en el tema, ya que puedes dañar la máquina y/o el material y la fresa (una interferencia puede interferir en el funcionamiento correcto del eje en un mal momento y por lo mismo puede tirarse a cortar en el lugar equivocado). Si los motores se mueven, fíjate también si es vibración o si son varios pasos en el mismo sentido; si es giro es continuo el problema posiblemente esté en la controladora (a mí me pasó algo similar con una controladora china defectuosa), aunque no sería una mala idea probar la máquina con otro computador y/o en otra casa (en caso de ser un problema de interferencia, o algo más puntual como algún problema con la instalación eléctrica de tu casa).

Es normal que los steppers zumben con las controladoras (ya que por lo general usan modulación de pulsos para controlar la corriente), pero no es normal que hagan "tac-tac-tac" de repente.

Saludos