Hola ferlemega, bienvenido al foro.
Paso a responderte algunas dudas, con respecto a los motores eso depende del tipo de deslpazamiento y transmision que se elija.
Mas o menos para tener una idea podes ver motores de 12Nm o mas grandes y lo ideal seria usar guias de patines de bolas recirculantes para los movimientos y para la transmision tornillo de bolas recirculantes de 20x5 mm.

Software podes usar el Mach3, con el es muy sencillo controlar la maquina.
Ahora van unas preguntas:

Estas usando un balancin o un dispositivo hidraulico? de ser un balancin este cuenta con embrague? de ser asi podes controlarlo facilmente con un electro y este controlado por la interfaz que comanda el Mach3, de esta forma podes sincronizar sin problemas y por codigo G todo el proceso.

Espero que te sirvan las ideas y cualquier cosa nos preguntas.
Saludos y exitos,