Hola;

Yo pienso que el problema puede ser el codigo g (file) o el controlador (hay un nuevo modelo, no se si este es el que usas: http://www.deskcnc.com/controller2nd.html )

Puedes mandar el controlador y una copia del codigo a Sicilia para que ellos puedan tratar de reproducir el problema en otra maquina?

Segun yo entiendo, el PC manda vectores de movimiento al controlador y este se ocupa de calcular los tiempos e interpolacion, sacando secuencias de pulso y direccion para controlar los movimientos.

Tambien pudiera ser el software en el PC (corrupto o hay algun "setting" para controlar el comportamiento del eje z al final del trabajo que no ha sido programado correctamente), prueba anadiendo manualmente un comando para elevar el eje z al final del codigo de corte, si aun sigue sin comportarse correctamente, prueba a instalar de nuevo el software antes de mandar el controlador.